Southern blot

 Ez a szócikk nem tünteti fel a független forrásokat, amelyeket felhasználtak a készítése során. Emiatt nem tudjuk közvetlenül ellenőrizni, hogy a szócikkben szereplő állítások helytállóak-e. Segíts megbízható forrásokat találni az állításokhoz! Lásd még: A Wikipédia nem az első közlés helye. (2022 szeptemberéből)

A Southern blot egy molekuláris biológiai módszer, aminek segítségével az adott DNS mintából specifikus DNS szakaszok kimutatása válik lehetővé. A Southern blot technika során az agaróz gélelektroforézis teszi lehetővé a DNS szakaszok elválasztását, majd a méret szerint elválasztott szakaszok nitrocellulóz filterre kerülnek át, ahol az adott DNS szakaszra specifikus próbákkal jelölik meg őket. A technika kitalálója után kapta nevét, az Egyesült Királyságbeli biológus, Edwin Southern után, és elvük miatt a további blot mechanizmusokat is hasonló módon nevezték el (western blot, northern blot, northwestern blot), viszont ezekben az esetekben a kimutatandó molekula fehérje vagy RNS természetű.

A módszer

  1. A nagyobb (akár genomi méretű) DNS-t kisebb szakaszokra hasítják restrikciós endonukleázok segítségével.
  2. A DNS-t ezután denaturálják NaOH segítségével, melynek következtében a DNS két szála elválik egymástól. A DNS denaturálása fontos a későbbi membránhoz való kötődés és a próbákhoz való kapcsolódás miatt.
  3. Nitrocellulóz vagy nylon membránt helyeznek a gél tetejére, amire több rétegben papírtörölköző kerül. A kapillárishatás miatt a minták felfelé mozdulnak el, kikötődnek a membránra, megőrizve a gélbeli egymáshoz viszonyított helyzetüket.
  4. Aztán nitrocellulóz membrán esetében száraz hőkezelés (60-100 °C), nylonmembrán esetében UV kezelés következik, ekkor történik meg a DNS-membrán kovalens keresztkötése.
  5. Majd a membránt hibridizációs próbával kezelik – ami egy olyan specifikus szekvenciával rendelkező DNS molekula, mely a vizsgálni kívánt szakasszal komplementer. A próba jelölve van, vagy radioaktívan, vagy fluoreszcensen, esetleg kromogenikus festékkel, hogy a próba bekötési helye láthatóvá váljon. Egyes esetekben, a hibridizációs próbát RNS-ből készítik.
  6. A hibridizációt követően, a nem hibridizált próbákat lemossák a felületről, és a hibridizációs mintázatot Röntgen-filmen autoradiográfiával vagy fluorescens jelölés esetén fluorométerrel, esetleg a kromogén szubsztát alkalmazásával enzimatikus színreakcióval teszik láthatóvá.

Az eredmény

A próba megmutatja, hogy az elektroforetikus elválasztás mely fragmentumai tartalmaznak egy bizonyos DNS szekvenciát.

Kapcsolódó szócikkek

  • Restrikciós fragment hossz-polimorfizmus
  • DNS ujjlenyomat