| Basilica superiore | | Cimabue e scuola | Volta dei quattro Evangelisti, Annuncio a Gioacchino e sua offerta, Natività e sposalizio della Vergine, Trapasso della Vergine, Dormitio Virginis, Assunzione della Vergine, Cristo e la Vergine in gloria, Crocifissione del transetto sinistro, Cristo in gloria, Visione del trono e libro dei sette sigilli, Visione degli angeli ai quattro angoli della terra, Cristo apocalittico, Caduta di Babilonia, San Giovanni e l'angelo, San Michele e il drago, Crocifissione del transetto destro, San Pietro guarisce lo storpio, San Pietro guarisce gli infermi e libera gli indemoniati, Caduta di Simon Mago, Crocifissione di san Pietro, Decapitazione di san Paolo |
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| Maestro Oltremontano | Due profeti, Loggetta sinistra, San Luca inginocchiato accanto a un trono, Trasfigurazione |
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| Jacopo Torriti e i romani | Loggetta destra, Separazione della luce dalle tenebre, Creazione di Adamo, Creazione di Eva, Peccato originale, Costruzione dell'arca, Diluvio universale, Sacrificio di Isacco, Abramo visitato dagli angeli, Annunciazione, Visitazione, Nozze di Cana, Resurrezione di Lazzaro, Volta degli Intercessori |
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| Maestro della Cattura | Natività, Adorazione dei Magi, Cattura di Cristo, Cristo deriso |
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| Maestro dell'Andata al Calvario | Presentazione di Gesù al tempio, Fuga in Egitto, Andata al Calvario, Crocifissione |
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| Maestro d'Isacco? | Cacciata dal Paradiso terrestre, Lavoro dei progenitori (perduta), Sacrificio di caino e Abele (perduta), Uccisione di Abele, Benedizione di Isacco a Giacobbe, Esaù respinto da Isacco, Giuseppe calato nel pozzo, Ritrovamento della coppa nel sacco di Beniamino, Volta dei Dottori della Chiesa |
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| Giotto (?) e scuola | Disputa con i dottori, Battesimo di Cristo, Deposizione dalla croce, Resurrezione, Madonna col Bambino ridente, Pentecoste, Ascensione, San Paolo, San Pietro,
Storie di san Francesco
Omaggio dell'uomo semplice, Dono del mantello, Sogno del castello con le armi, Preghiera in San Damiano, Rinuncia ai beni, Sogno di Innocenzo III, Conferma della Regola, Apparizione sul carro di fuoco, Visione dei troni, Cacciata dei diavoli, Prova del fuoco, Estasi di san Francesco, Presepe di Greccio, Miracolo della sorgente, Predica agli uccelli, Morte del cavaliere, Predica a Onorio III, Apparizione al Capitolo di Arles, San Francesco riceve le stimmate, Morte di san Francesco, Visioni, Verifica delle stimmate, Saluto di santa Chiara, Canonizzazione, Apparizione a Gregorio IX |
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| Maestro della Santa Cecilia | Guarigione dell'uomo di Lleida, Confessione della donna resuscitata, Liberazione dell'eretico |
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| Altro | Restauro della basilica superiore di Assisi, Crocifisso di Frate Elia |
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| Basilica inferiore | | Maestro di San Francesco | Storie della Passione di Cristo, Madonna col Bambino e un angelo, Storie della vita di san Francesco |
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| Cimabue | Maestà di Assisi |
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| Giotto e scuola | Cappella della Maddalena, Transetto destro, Crocifissione con cinque francescani, Allegorie francescane, Cappella di San Nicola |
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| Simone Martini | Cappella di San Martino |
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| Pietro Lorenzetti | Transetto sinistro, Entrata di Cristo a Gerusalemme, Lavanda dei piedi, Ultima Cena, Cattura di Cristo, Giuda impiccato, Flagellazione davanti a Pilato, Andata al Calvario, Crocifissione, Deposizione dalla croce, Seppellimento di Cristo, Discesa agli Inferi, Resurrezione, San Francesco riceve le stimmate, Madonna col Bambino tra i santi Francesco e Giovanni Evangelista, Panca vuota, Madonna col Bambino tra i santi Giovanni Battista e Francesco |
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| Puccio Capanna | Incoronazione di Maria, Miracolo di san Stanislao, Martirio di san Stanislao, Crocifissione con santi |
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| Altro | Cappella Orsini |
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