Proteinska tirozinska fosfataza

Proteinska tirozinska fosfataza
Trimer proteinske tirozinske fosfataze 1 (čovjek)
Identifikatori
EC broj 3.1.3.48
CAS broj 79747-53-8
IntEnz IntEnz view
BRENDA BRENDA entry
ExPASy NiceZyme view
KEGG KEGG entry
MetaCyc metabolic pathway
PRIAM profile
PDB RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum
Pretraga
PMC articles
PubMed articles
NCBI Protein search

Proteinske tirozinske fosfataze (PTP) su grupa enzima koji odstranjuju fosfatne grupe sa fosforilisanih tirozinskih ostataka. Proteinska tirozinska (pTyr) fosforilacija je česta posttranslaciona modifikacija koja može da formira nove motive prepoznavanja za proteinske interakcije i ćelijsku lokalizaciju, koja utiče na stabilnost proteina, i kojom se reguliše enzimska aktivnost. Održavanje odgovarajućeg nivoa proteinske tirozinske fosforilacije esencijalno za mnoge ćelijske funkcije. Tirozin-specifične proteinske fosfataze (PTPaze; EC 3.1.3.48) katalizuju uklanjanje fosfatnih grupa vezanih za tirozinske ostatke, koristeći cisteinil-fosfatni enzimski intermedijer. Ti enzimi su ključna regulatorna komponenta u putevima prenosa signala (kao što su putevi MAP kinaza) i u kontroli ćelijskog ciklusa. Oni imaju važnu ulogu u kontroli ćelijskog rasta, proliferacije, diferencijacije i transformacije[1][2].

Funkcije

Zajedno sa tirozinskim kinazama, proteinske tirozinske fosfataze regulišu fosforilaciono stanje mnogih važnih signalnih molekula, kao što je familija MAP kinaza. PTP enzimi su smatraju integralnom komponentom kaskada prenosa signala, mada su u manjoj meri izučavane u odnosu na tirozinske kinaze.

Proteinske tirozinske fosfataze učestvuju u regulaciji mnogih ćelijskih procesa, kao što su:

Zajednički elementi

Sve PTPaze sadrže visoko konzervirani C(X)5R motiv u njihovom aktivnom mestu (motiv PTP potpisa), koriste zajednički katalitički mehanizam, i imaju slične strukture formirane od centralne paralelne beta-ravni sa bočnim alfa heliksima koji sadrže beta-petlja-alfa-petlja strukturu koja obuhvata motiv PTP potpisa[3]. Funkcionalna raznovrsnost pojedinih PTPaza je omogućena regulatornim domenima i podjedinicama.

Fosfotirozinska proteinska fosfataza male molekulske težine
Struktura fosfotirozinska proteinska fosfataza male molekulske težine.[4]
Identifikatori
Simbol LMWPc
Pfam PF01451
InterPro IPR017867
SMART SM00226
SKOP 1phr
Dostupne PDB strukture:
1bvh, 1c0e, 1d1p, 1d1q, 1d2a, 1dg9, 1jf8, 1jfv, 1jl3, 1ljl
Proteinska tirozinska fosfataza
Struktura Yersinia proteinske tirozinske fosfataze.[5]
Identifikatori
Simbol Y_phosphatase
Pfam PF00102
Pfam klan CL0031
InterPro IPR000242
SMART SM00194
PROSITE PS50055
SKOP 1ypt
Dostupne PDB strukture:
1a5y, 1aax, 1bzc, 1bzh, 1bzj, 1c83, 1c84, 1c85, 1c86, 1c87
Fosfataza dualne specifičnosti, katalitički domen
Struktura VHR fosfataze dualne specifičnosti.[6]
Identifikatori
Simbol DSPc
Pfam PF00782
Pfam klan CL0031
InterPro IPR000340
PROSITE PDOC00323
SKOP 1vhr
Dostupne PDB strukture:
1d5r, 1i9s, 1i9t, 1j4x, 1m3g, 1mkp, 1ohc, 1ohd, 1ohe, 2c46
Proteinska tirozinska fosfataza, SIW14-slična
Struktura fosfoproteinske fosfataze iz Arabidopsis thaliana.[7]
Identifikatori
Simbol Y_phosphatase2
Pfam PF03162
Pfam klan CL0031
InterPro IPR004861
Dostupne PDB strukture:
1xri, 2q47
PTPLA
Identifikatori
Simbol PTPLA
Pfam PF04387
InterPro IPR007482

Literatura

  • Nicholas C. Price, Lewis Stevens (1999). Fundamentals of Enzymology: The Cell and Molecular Biology of Catalytic Proteins (Third izd.). USA: Oxford University Press. ISBN 019850229X. 
  • Eric J. Toone (2006). Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology, Protein Evolution (Volume 75 izd.). Wiley-Interscience. ISBN 0471205036. 
  • Branden C, Tooze J.. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN: 0-8153-2305-0. 
  • Irwin H. Segel. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and Steady-State Enzyme Systems (Book 44 izd.). Wiley Classics Library. ISBN 0471303097. 
  • Robert A. Copeland (2013). Evaluation of Enzyme Inhibitors in Drug Discovery: A Guide for Medicinal Chemists and Pharmacologists (2nd izd.). Wiley-Interscience. ISBN 111848813X. 
  • Gerhard Michal, Dietmar Schomburg (2012). Biochemical Pathways: An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology (2nd izd.). Wiley. ISBN 0470146842. 
  1. Dixon JE, Denu JM (1998). „Protein tyrosine phosphatases: mechanisms of catalysis and regulation”. Curr Opin Chem Biol 2 (5): -. PMID 9818190. 
  2. Paul S, Lombroso PJ (2003). „Receptor and nonreceptor protein tyrosine phosphatases in the nervous system”. Cell. Mol. Life Sci. 60 (11): -. DOI:10.1007/s00018-003-3123-7. PMID 14625689. 
  3. Barford D, Das AK, Egloff MP (1998). „The structure and mechanism of protein phosphatase s: insights into catalysis and regulation”. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 27: -. DOI:10.1146/annurev.biophys.27.1.133. PMID 9646865. 
  4. Su XD, Taddei N, Stefani M, Ramponi G, Nordlund P (August 1994). „The crystal structure of a low-molecular-weight phosphotyrosine protein phosphatase”. Nature 370 (6490): 575–8. DOI:10.1038/370575a0. PMID 8052313. 
  5. Stuckey JA, Schubert HL, Fauman EB, Zhang ZY, Dixon JE, Saper MA (August 1994). „Crystal structure of Yersinia protein tyrosine phosphatase at 2.5 A and the complex with tungstate”. Nature 370 (6490): 571–5. DOI:10.1038/370571a0. PMID 8052312. 
  6. Yuvaniyama J, Denu JM, Dixon JE, Saper MA (May 1996). „Crystal structure of the dual specificity protein phosphatase VHR”. Science 272 (5266): 1328–31. DOI:10.1126/science.272.5266.1328. PMID 8650541. 
  7. Aceti DJ, Bitto E, Yakunin AF, et al. (October 2008). „Structural and functional characterization of a novel phosphatase from the Arabidopsis thaliana gene locus At1g05000”. Proteins 73 (1): 241–53. DOI:10.1002/prot.22041. PMID 18433060. 

Spoljašnje veze

  • Pregled i relevantne publikacije
  • MeSH Protein-Tyrosine-Phosphatase
  • EC 3.1.3.48
  • p
  • r
  • u
3.1.1: Hidrolaze karboksilnih estara
Holinesteraza (Acetilholinesteraza, Butirilholinesteraza)  Pektinesteraza  6-fosfoglukonolaktonaza  PAF acetilhidrolaza

Lipaza (Zavisna od žučnih soli, Gastrična/Lingvalna, Pankreasna, Lizozomalna, Hormon-sensitivna, Endotelna, Hepatička, Lipoproteinska, Monoacilglicerolna, Diacilglicerolna)

Fosfolipaza (A1, A2, B)
3.1.2: Tioesteraza
Tioesteraza palmitoil proteina  Ubikvitin karboksilni-terminal hidrolaza L1
3.1.3: Fosfataza
Alkalna fosfataza (ALPI, ALPL, ALPP)  Kiselinska fosfataza (Prostatična)/Tartrat-otporna kiselinska fosfataza/Fosfataze purpurne kiseline  Nukleotidaza  Glukoza 6-fosfataza  Fruktoza 1,6-bisfosfataza 

Kalcineurin  Fosfoproteinska fosfataza (PP2A OCRL  Piruvat dehidrogenazna fosfataza  Fruktoza 6-P,2-kinaza:fruktoza 2,6-bisfosfataza PTEN  Fitaza  Inozitol-fosfat fosfataza (IMPA1)

Fosfoproteinska fosfataza: Proteinska tirozinska fosfataza  Proteinska serin/treoninska fosfataza  Fosfataza dualne-specifičnosti
3.1.4: Fosfodiesteraza
Autotaksin  Fosfolipaza (C, D Sfingomijelin fosfodiesteraza (1)  PDE1  PDE2  PDE3  PDE4A/PDE4B  PDE5  Lecitinaza (Clostridium perfringens alfa toksin)  Fosfodiesteraza cikličnih nukleotida
3.1.6: Sulfataza
arilsulfataza (Arilsulfataza A, Arilsulfataza B, Arilsulfataza E, Steroidna sulfataza Galaktozamine-6 sulfataza  Iduronat-2-sulfataza  N-acetilglukosamin-6-sulfataza
Nukleaza (obuhvata
deoksiribonukleazu i
ribonukleazu)
3.1.11-16: Eksonukleaza
Eksodeoksiribonukleaza
3.1.21-31: Endonukleaza
Endodeoksiribonukleaza
Deoksiribonukleaza I  Deoksiribonukleaza II  Deoksiribonukleaza IV  Restrikcioni enzim  UvrABC endonukleaza
Endoribonukleaza
RNaza III  RNaza H (1, 2A, 2B, 2C)  RNaza P  RNaza A (1, 2, 3, 4/5)  RNaza T1  RNK-indukovani utišavajući kompleks
bilo dezoksi- ili ribo-
Aspergillus nukleaza S1  Nukleaza mikrokoka
B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6
  • p
  • r
  • u
Teme
Tipovi
EC1 Oksidoreduktaze/spisak  • EC2 Transferaze/spisak  • EC3 Hidrolaze/spisak  • EC4 Lijaze/spisak  • EC5 Izomeraze/spisak  • EC6 Ligaze/spisak
B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6