W absydzie kamienny ołtarzyk, wykonany według projektu francuskiego architekta Eugène Viollet-le-Duc. Stopień przed ołtarzem pokryty posadzką z XIII wieku. Na środku krypty grób biskupa Maurusa (zm. 1118), odkryty w czasie prac archeologicznych w 1938 roku. Lampy w krypcie mają kształt koron królewskich.
Pochowani
Maurus – zm. 1118, pochowany w komorze grobowej pod posadzką krypty. Grób biskupa odkryto podczas prac renowacyjnych w roku 1938.
Michał Korybut Wiśniowiecki – zm. 1673, pochowany 31 stycznia 1676 w drewnianej trumnie w krypcie kaplicy Świętokrzyskiej. Sarkofag z czarnego marmuru dębnickiego, z fundacji cesarza Franciszka Józefa I, wykonał Edward Stehlik. Szczątki króla spoczęły w nim 29 listopada 1858.
Jan III Sobieski – zm. 1696, pochowany 15 stycznia 1734, sarkofag z czarnego marmuru dębnickiego, ze złoconą dekoracją i monogramem króla oplecionym wężem-uroborosem, ufundował Stanisław August Poniatowski, z okazji 100. rocznicy bitwy wiedeńskiej w 1783 roku.
Maria Kazimiera d’Arquien – zm. 1716, pochowana 15 stycznia 1734 w drewnianej trumnie pod kaplicą Wazów. Sarkofag z piaskowca, fundacji cesarza austriackiego Ferdynanda I, wykonał Karol Ceptowski.
Tadeusz Kościuszko – zm. 1817, pochowany 23 czerwca 1818, początkowo w dębowej, opieczętowanej trumnie, ustawionej obok sarkofagu Sobieskiego. Sarkofag z białego marmuru dębnickiego, zaprojektowany przez Franciszka Lanciego, ufundowano ze zbiórki publicznej w roku 1832.
Władysław Sikorski – zm. 1943, pochowany 17 września 1993. Sarkofag z ciemnopopielatego marmuru ze Sławniowic, w formie odwróconej tumby, zaprojektowali rzeźbiarka Małgorzata Schuster-Gawłowska i architekt Janusz Gawłowski. Wykonany w roku 1981, przed planowanym sprowadzeniem szczątków generała.
Sarkofag Józefa Poniatowskiego
Sarkofag Tadeusza Kościuszki
Sarkofag Władysława Sikorskiego
Sarkofag Jana III Sobieskiego
Sarkofag Marii Kazimiery
Sarkofag Michała Korybuta Wiśniowieckiego
